Unter Enzymen (gr. En=innen; Zymo=in Gärung setzen) werden Proteinmoleküle verstanden, die biochemische Reaktionen auslösen und in der Lage sind fast alle Vorgänge im lebenden Organismus zu steuern und zu beschleunigen (katalysieren).
Um Enzyme erfolgreich in eine Therapie mit einzubeziehen ist zuerst eine Unterscheidung hinsichtlich des Wirkbereichs zwischen Verdauungsenzymen und der systemischen Enzymtherapie zu treffen.
Als Verdauungsenzyme werden endogene (körpereigene, von den Verdauungsorganen gebildete) Enzyme und exogene (dem Körper zugeführte oder in der Nahrung enthaltene) Enzyme bezeichnet, welche zusammen mit den Bakterien der Darmflora für die Aufspaltung der Nahrung verantwortlich sind und während dieses Vorgangs verbraucht werden. Verdauungsenzyme werden deshalb zu den Mahlzeiten eingenommen, um die Verdauungsleistung zu erhöhen.
Die systemisch wirkenden Enzyme werden dagegen in den Blutkreislauf absorbiert und wirken im Organismus (System). Sie werden vor allem immunologisch und bei Entzündungen eingesetzt. Um im Darm aufgenommen zu werden, müssen die Präparate zeitversetzt zu den Mahlzeiten eingenommen werden, damit die Enzyme nicht mit Bestandteilen aus der Nahrung reagieren. Ferner sollten sie magensaftresistent verkapselt sein.



